醫(yī)院前身為合肥基督醫(yī)院，始建于1898年，歷經風雨洗禮，已發(fā)展成為一所設備先進、專科齊全、技術力量雄厚，集醫(yī)療、教學、科研、預防、保健、康復、急救為一體的省級大型三級甲等綜合性醫(yī)院。在最新一輪（2019年度）全國三級公立醫(yī)院績效考核排名第24位，等級A+；連續(xù)四年進入“復旦版中國醫(yī)院排行榜”全國百強，健康管理中心排名全國第2；5個學科進入全國榜單，27個學科進入華東榜單。共開放床位5750張，設有47個臨床醫(yī)技學科。2021年集團門診量582萬人次，出院32萬人次，手術17.9萬臺次，平均住院日6.81天。

醫(yī)院由中國科學技術大學與安徽省衛(wèi)生健康委員會雙重管理，以中國科學技術大學管理為主。目前總占地面積（含規(guī)劃面積）785畝，總建成面積61.7萬平方米，總在建面積（不含規(guī)劃建筑面積）54.9萬平方米。規(guī)劃建筑面積35萬平方米。實行“一院多區(qū)”集團化、一體化和差異化發(fā)展戰(zhàn)略，由總院（院本部）、南區(qū)（安徽省腦科醫(yī)院、安徽省心血管病醫(yī)院）、西區(qū)（安徽省腫瘤醫(yī)院）、感染病院（合肥市傳染病醫(yī)院）組成，正在建設濱湖和北城院區(qū)。獲批國家創(chuàng)傷區(qū)域醫(yī)療中心和國家緊急救援基地建設項目。與73家縣市級醫(yī)院和社區(qū)衛(wèi)生服務中心組建了醫(yī)療聯合體，全面托管長豐、樅陽、渦陽縣人民醫(yī)院建立緊密型醫(yī)聯體，共建包河區(qū)望湖城社區(qū)醫(yī)療服務中心，牽頭成立了37個專科聯盟，牽頭組建了覆蓋省內外60余家醫(yī)院的遠程醫(yī)療協作網。 

現有在職職工7221人，其中高級職稱1116人。擁有特聘院士6人，國家重點人才項目專家13人，省級重點人才項目專家15人，一級主任醫(yī)師39人；國務院及省政府津貼專家124人次，江淮名醫(yī)59人次，省學術技術帶頭人及后備人選118人次。獲批國家臨床重點?？平ㄔO項目8個，省臨床重點?？?5個，其中優(yōu)先發(fā)展10個，重點專科10個，培育?？?個；安徽省“115”產業(yè)創(chuàng)新團隊7支。

著力提升醫(yī)療技術，形成了以器官移植、心腦血管疾病為代表的疑難重癥救治技術，以介入、腔鏡為代表的微創(chuàng)技術。入選2項國家疑難病癥診治能力提升工程項目（腦血管和腫瘤方向）。國際率先創(chuàng)新開展單孔胸腔鏡肝切除術，精準肝切除術、腹腔鏡肝膽手術等技術國內領先，微創(chuàng)肝膽技術在省內廣泛推廣；最新一代Xi達芬奇機器人手術在普外科、泌尿外科、胸外科等多科室廣泛應用；目前是全國為數不多、安徽省唯一一家擁有心臟、肺臟、肝臟、腎臟、胰腺、小腸、角膜等全部器官（組織）移植資質的醫(yī)院，肝移植技術和理念不斷取得新的突破，親屬間活體腎臟移植連續(xù)多年位居全國前3，肺臟移植例數居全國第12；臍血造血干細胞移植技術進入國際先進行列；獨創(chuàng)的側臥位下直接前方入路髖關節(jié)置換技術（LDAA）、股骨近端重建技術在國內外廣泛推廣；腦深部刺激術（DBS）治療帕金森病等運動障礙性疾病、“四聯療法”治療三叉神經痛等特色技術國內領先；心血管內科CRT技術治療嚴重心力衰竭連續(xù)多年手術量全國領先；心臟外科右側肋間小切口胸腔鏡輔助下二尖瓣主動脈瓣聯合置換術等技術全國領先；糖尿病領域的研究和治療領跑全國；成為全國僅有的5家獲得質子放射治療系統(tǒng)準予許可單位之一，啟動質子系統(tǒng)臨床試驗。揭牌“泛血管疾病管理中心”，掛牌國家“示范高級卒中中心”和“中國胸痛中心”。